ФНС недавно разъяснило в своем письме № БС-4-11/5717 от 7 апреля 2015 разъяснило, что, если головная организация уплачивает НДФЛ не там, где находится обособленное подразделение, за работников этого подразделения, а по месту нахождения головного офиса, то такой НДФЛ считается верно уплаченным и не облагается пени. Это не нарушает срока уплаты налогов и закона. Статья 75 НК РФ никак не различает зависимость пени от порядка распределения налоговых сумм между бюджетами разных уровней. Судебная практика арбитражей также доказывает, что подобный способ уплаты НДФЛ не является нарушением.
Арбитры учреждений самых разных уровней сходятся на том, что начисление пени оправдано лишь тогда, когда налогоплательщик реально задолжает бюджету. А если такой налог поступил в один, а не в другой муниципальный бюджет, роли не играет и порядка, установленного законом, не нарушает. Так что головной офис может платить НДФЛ за обособленные подразделения без опаски, НК РФ нарушен не будет.